BZN De Stobbe werd in 1990 opgericht door Bond zonder Naam. Bond zonder Naam trachtte tegemoet te komen aan de nood aan opvang voor grote gezinnen. Vrouwen met meerdere kinderen die geconfronteerd werden met intrafamiliaal geweld vonden immers geen aangepaste hulpverlening.

Na één jaar werd BZN De Stobbe door Kind en Gezin erkend als moedertehuis met 35 plaatsen. Ondanks de decretale beperkingen (vb.enkel kinderen beneden de 7 jaar werden gesubsidieerd) heeft BZN De Stobbe er steeds voor gekozen moeders en kinderen van alle leeftijden samen op te vangen.

In 1995 werd BZN De Stobbe uit Kind en Gezin gehaald en door de Vlaamse regering erkend als Centrum voor Integrale Gezinszorg. Dit leidde tot een verruiming van de opdracht en mogelijkheden.